Pôvod názvu Bratislava je dodnes predmetom historického a jazykového výskumu. Prvé zmienky pochádzajú z roku 907, keď sa v dokumentoch objavuje názov Brezalauspurc, doslova „Braslavov hrad“. Niektorí historici ho spájajú s dnešnou Bratislavou, no jeho presná lokalizácia zostáva predmetom diskusie.

V roku 1002 sa v zakladacej listine opátstva v Pannonhalme objavuje názov Pozsony. Jazykovedec Ján Stanislav tvrdil, že názov pochádza od osobného mena Božan, pravdepodobne kniežaťa, ktorý vlastnil hrad pred rokom 950. Podľa lexikológa Milana Majtána však maďarská verzia názvu v dobových dokumentoch chýba. Iné historické formy názvu ako Vratislaburgum (905), Braslavespurch a Preslavasburc (907) ukazujú prepojenie so slovanskými aj nemeckými variantmi.

Maďarský historik János Melich a ďalší ako Flóris Rómer či jazykovedec Lajos Kiss pripisujú pôvod názvu Pozsony starej maďarskej forme Poson, pravdepodobne podľa prvého hradného župana. Mesto sa postupne spomína aj ako Praslavia, Praslaburck a Preßburg.

Po prvej svetovej vojne, počas rozpadu Rakúsko-Uhorska, americkí Slováci navrhli premenovanie mesta na Wilsonov alebo Wilsonstadt, na počesť amerického prezidenta Woodrowa Wilsona, ktorý podporoval vznik Československa.

Dnešný názov Bratislava sa stal oficiálnym 16. marca 1919. Do tej doby bolo mesto známe najmä ako Pozsony (maďarsky) alebo Preßburg (nemecky). Slovenský názov Prešporok bol odvodený od nemeckého pomenovania. Názov Bratislava sa pripisuje Pavlovi Jozefovi Šafárikovi, ktorý pri analýze stredovekých textov nesprávne interpretoval meno Braslav ako Bratislav a následne vytvoril meno Břetislaw, z ktorého sa vyvinula Bratislava.

Historicky sa mesto označovalo aj názvami v iných jazykoch: grécky Istropolis („Mesto na Dunaji“), latinsky Posonium, rumunsky Pojon, chorvátsky Požun.

V starších dokumentoch môžu vzniknúť nejasnosti, keď sa vyskytujú názvy Bratislavia alebo Wratislavia, ktoré v skutočnosti odkazujú na poľské mesto Wrocław, nie na slovenskú metropolu. Obe mestá však zdieľajú podobný etymologický pôvod.

História názvu Bratislavy tak odráža jej bohatú minulosť a viacjazyčný, multikultúrny vývoj, ktorým prešla počas stáročí.