Po rozpade Veľkomoravskej ríše na začiatku 10. storočia sa územie dnešného Slovenska stalo súčasťou Uhorska, ktoré začalo formovať nové štátne štruktúry a prijímať kresťanstvo. V rokoch 1001–1002 a 1018–1029 bolo Slovensko pod vládou Poľska, keď ho dobyl Boleslav I. Chrabrý. Po návrate územia k Uhorsku vznikol polozávislý útvar známy ako Nitrianske kniežatstvo, ktoré existovalo až do roku 1108/1110. Po tomto období sa Slovensko stalo neoddeliteľnou súčasťou Uhorského kráľovstva až do jeho zániku v roku 1918.

Po príchode Karpatských Nemcov v 13. storočí a Židov v 14. storočí sa etnické zloženie Slovenska stalo rozmanitejším. Príchod týchto národov mal vplyv na mestský rozvoj, výstavbu hradov a kultúrne zmeny v regióne. V dôsledku mongolského vpádu v roku 1241 a následnej hladomoru poklesla populácia, ale obnovu územia inicioval uhorský kráľ Béla IV. Počas stredoveku bolo územie Slovenska charakterizované nemeckou a židovskou imigráciou, rozrastajúcimi sa mestami a rozvojom umení.

V roku 1381 bol vydaný Privilegium pro Slavis, ktoré riešilo spory medzi Slovákmi a Nemcami o mestskú moc. Tento dokument upravoval podmienky zastúpenia v mestských radách, čo naznačuje sociálne napätie medzi rôznymi etnickými skupinami.

V 16. storočí, po expanzii Osmanskej ríše, sa Bratislava stala novým hlavným mestom Uhorska, keď staré hlavné mesto Buda padlo do rúk Osmanov. V tomto období sa územie Slovenska, známe ako Horné Uhorsko, stalo útočiskom pre maďarskú šľachtu utekajúcu pred Turkami. Taktiež došlo k posilneniu maďarského jazyka a kultúry v regióne.

Začiatkom 17. storočia vznikol v Slovensku významný náboženský rozkol, keď väčšina Slovákov prešla na luteránsku vieru, čo sa stalo proti katolíckym Habsburgom. V období protireformácie, po roku 1648, sa však väčšina obyvateľov Slovenska vrátila ku katolicizmu. V roku 1655 bola v Trnave vydaná tlačou v slovenskom jazyku katolícka hymnická kniha, ktorá posilnila väzby na diela svätých Cyrila a Metoda.

Počas obdobia Habsburskej monarchie sa Slovensko stalo kľúčovým regiónom, kde prebiehali vojny medzi katolíkmi a protestantmi, ale aj medzi Habsburgmi a Osmanmi. Po zániku Rakúsko-Uhorskej monarchie v roku 1918 sa skončila éra, ktorá formovala politické, náboženské a kultúrne dedičstvo Slovenska.